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La Academia Militar del Imperio Barsburg es conocida por entrenar a las élites que le otorgan la victoria al imperio. Los estudiantes de la academia utilizan libremente una habilidad llamada "Zaiphon" para luchar, y los tipos de Zaiphon que pueden usar dependen de la naturaleza de cada soldado.
Teito Klein, un estudiante de la academia, es uno de los soldados más prometedores. Aunque todos se burlan de él por ser un "sklave" (esclavo en alemán) sin recuerdos de su pasado, entabla una amistad con un compañero llamado Mikage. Mientras se prepara para el examen final, Teito descubre un oscuro secreto relacionado con su pasado. Tras fallar en su intento de asesinar a Ayanami, un alto funcionario que mató a su padre, Teito es encarcelado a la espera de su castigo.
Deseando solo lo mejor para él, Mikage ayuda a Teito a escapar. Teito termina en la iglesia del Séptimo Distrito, donde es acogido por los obispos. Es allí donde Teito intenta evadir las garras de Ayanami y del ejército, para así poder recuperar sus recuerdos y descubrir por qué es la persona capaz de cambiar el destino del mundo.