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Manabi Straight! sigue la vida de un grupo de chicas de preparatoria que viven en el año 2035 y asisten a la escuela privada femenina Seioh. Debido a que la tasa de natalidad ha caído drásticamente, muchas escuelas están cerrando por la falta de estudiantes. La moral en las instituciones ha decaído notablemente, y Seioh no es la excepción.
La historia comienza cuando la protagonista, Manami Amamiya, se transfiere a Seioh. Tras algunos incidentes iniciales que involucran un scooter futurista y una competencia de natación, seguidos de una inspiradora interpretación del himno escolar, es nombrada presidenta del consejo estudiantil. La trama continúa con Manami trabajando junto a Mika Inamori, la única otra integrante del consejo, y tres compañeras de clase llamadas Mutsuki Uehara, Mei Etoh y Momoha Odori, en los asuntos del consejo. Después de remodelar la sala del consejo estudiantil, Manami y sus amigas se ponen manos a la obra para planificar el próximo festival escolar.