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Tras unirse a la resistencia contra el bakufu, Gintoki y su grupo se encuentran escondidos junto a Katsura y sus rebeldes Joui. Poco después, Nobume Imai y dos miembros del Kiheitai se acercan a la Yorozuya para explicarles que los piratas Harusame se han vuelto contra Kamui, capitán de la 7.ª División, y contra su antiguo aliado, Takasugi. El Kiheitai le ofrece un trabajo a Gintoki: encontrar a Takasugi, quien ha estado desaparecido desde que su nave fue emboscada en una incursión de los Harusame. Nobume también hace una revelación impactante sobre los Tendoushuu, una organización secreta que mueve los hilos de numerosas facciones, y sobre su líder, Utsuro, una figura sombría con un parecido asombroso al antiguo maestro de Gintoki.
Aprovechando un viaje en la nave espacial de Sakamoto, la Yorozuya y Katsura parten hacia Rakuyou, el planeta natal de Kagura, donde las distintas facciones se han reunido y la tensión va en aumento. Viejos rencores, luchas políticas internas y el siniestro plan maestro de los Tendoushuu finalmente culminan en una batalla masiva y decisiva en Rakuyou.