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Cien años después de que cambios catastróficos en las placas tectónicas provocaran que la mayor parte de su territorio se sumergiera, Japón prospera ahora como una nación marítima. Ciudades de alta tecnología bordean sus costas y rutas marítimas bien desarrolladas son defendidas por buques navales especializados. La industria marina florece y las jóvenes están ansiosas por unirse a las Blue Mermaids, mujeres altamente capacitadas que dedican sus vidas a proteger los mares.
Tras un tiempo separadas, las amigas de la infancia Akeno Misaki y Moeka China se reencuentran en la Escuela Secundaria Marina para Chicas de Yokosuka. Allí se les unen otras jóvenes que comparten su sueño de convertirse en Blue Mermaids. Pronto comienzan los ejercicios de entrenamiento, donde Akeno y Moeka quedan a cargo de sus propios barcos y tripulaciones. Todo marcha sobre ruedas para Akeno mientras se adapta a su rol como capitana y fomenta la camaradería entre sus compañeras a bordo del Harekaze, un buque destructor. Sin embargo, fallas inesperadas en el motor y la navegación dejan pronto a su barco a la deriva y a la tripulación en peligro.
High School Fleet sigue a la valiente tripulación del Harekaze mientras navegan por aguas traicioneras y superan obstáculos en su búsqueda por convertirse en Blue Mermaids de pleno derecho.