WING ZERO NETWORK
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La historia se desarrolla después de la final del torneo Holy Road del primer anime de Inazuma Eleven GO, cuando Tenma regresa a la escuela secundaria Raimon. Sin embargo, este no es el Raimon que él recuerda, y los miembros del equipo ya no juegan fútbol.
Tenma se da cuenta de que se encuentra en un mundo paralelo cuando Alpha, el capitán y delantero del equipo Protocolo Omega, aparece ante él. Alpha es parte de un proyecto secreto del futuro para erradicar el fútbol.
Para ayudar a Tenma en sus aventuras, la caravana Inazuma, vista en anteriores entregas de Inazuma Eleven, ha sido modificada para convertirse en una máquina del tiempo voladora.