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En 1937, antes de que la Segunda Guerra Mundial comenzara formalmente, el teniente coronel Yuuki, del Ejército Imperial Japonés, forma la "Agencia D", una unidad de inteligencia bajo su mando y tutela. El Estado Mayor del Ejército asigna al teniente Sakuma para observar el desempeño de la unidad. La Agencia D amplía su búsqueda para reclutar agentes más allá del personal militar japonés, y Yuuki establece los principios de la agencia, los cuales contradicen la doctrina del ejército: "No matar, no dejarse matar, no ser capturado". Con esto, Yuuki entrena a un equipo de operativos que llevan a cabo misiones contra potencias nacionales y extranjeras.