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Tras la conclusión del Campeonato Interhigh, el equipo de baloncesto de Seirin vuelve a enfocarse en sus objetivos, entrenando más duro que nunca para tener la oportunidad de participar en la Winter Cup. Tanto Kuroko como Kagami ven cómo viejos amigos regresan a sus vidas, planteándoles desafíos tanto dentro como fuera de la cancha.
A medida que desarrollan nuevas habilidades y crean nuevas alianzas, enemigos de diversos equipos —gigantes del baloncesto de preparatoria como Yousen, Shuutoku y Touou— se interponen en los firmes intentos de Seirin por llegar a la cima. Todas estas escuelas demuestran ser rivales formidables cuyas habilidades progresan exponencialmente, mientras Kuroko lucha por encontrar un equilibrio entre su determinación de jugar como parte de un equipo y su deseo de ganar.
Con viejas heridas que vuelven a abrirse, nuevos desafíos que enfrentar en la cancha y un nuevo grupo de adversarios —los "Reyes sin Corona"— jurando derrotar a las nuevas promesas, ¿podrá Seirin lograr su sueño de vencer a la Generación de los Milagros?