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Esta vez, la historia se desarrolla en el mar, cerca de la isla Hachijo-jima, en Tokio. Ingenieros de todo el mundo se han reunido para la puesta en marcha de la "Boya del Pacífico", una instalación marina diseñada para conectar las cámaras de seguridad de las fuerzas policiales de todo el planeta. Allí se está llevando a cabo una prueba de una "nueva tecnología" basada en un sistema de reconocimiento facial.
Mientras tanto, Conan y la Liga de Detectives Juveniles visitan Hachijo-jima por invitación de Sonoko y reciben una llamada de Subaru Okiya (estudiante de posgrado en la Facultad de Ingeniería de la Universidad Metropolitana de Tokio, quien en realidad es el agente del FBI Shuichi Akai y el Rye de la Organización de los Hombres de Negro), informándoles que un empleado de la Europol fue asesinado en Alemania por Gin, de la Organización.
Conan, inquieto, se infiltra en la instalación y descubre que una ingeniera ha sido secuestrada por la Organización... Además, un dispositivo USB con información confidencial que ella poseía termina en manos de los criminales... Una sombra oscura también acecha a Ai Haibara (Ai Haibara de la Liga de Detectives / Shiho Miyano / Sherry de la Organización).