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Hace 15 años, el Daiichi Yachiyo Maru, un buque de carga, chocó contra un gran iceberg en el norte del Océano Pacífico y se hundió. El capitán y un tripulante murieron.
Ahora, en Nishitama, un diseñador de barcos de Yatsushiro Shipbuilder, empresa que pertenece al conglomerado financiero Yatsushiro, sufrió un infarto repentino mientras conducía y murió en un accidente de tránsito.
Han pasado seis meses desde entonces. Conan, Ran y Kogoro disfrutan de su viaje en el Aphrodite. El Aphrodite es un crucero de lujo que realiza su viaje inaugural por el Océano Pacífico. Sin embargo, hay una persona sospechosa a bordo y, finalmente, ocurre un asesinato.
Es el comienzo de un complot terrible que tiene lugar en medio del océano, donde no hay lugar a donde escapar.