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Unos invasores alienígenas toman el control de Great Mazinger, que se encontraba en la entrada de un museo junto a Mazinger Z como símbolos de paz. Grendizer combate a los malvados invasores y logra recuperar a Great Mazinger.
Cuando el imperio de Vega envía a un nuevo general para supervisar la conquista de la Tierra, este logra capturar rápidamente a Koji Kabuto y, tras enterarse de la existencia de Great Mazinger durante un interrogatorio, lo confisca del museo donde se exhibía como símbolo de paz.
Ahora, depende de Duke Fleed a bordo de Grendizer evitar que el antiguo defensor de la humanidad se convierta en su destructor.