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Cuando el nivel de accidentes con Labors comienza a escalar alrededor de la Bahía de Tokio, los detectives de policía Kusumi y Hata son asignados para investigar. Lo que descubren los lleva a una serie de encubrimientos gubernamentales, una conspiración relacionada con una nueva arma biológica llamada WXIII (Wasted Thirteen) y una trágica conexión personal con Hata. La única esperanza para detener esta amenaza es cooperar con el ejército y atraer a WXIII a un enfrentamiento contra los Labors de la Segunda División de Vehículos Especiales.
(Fuente: Anime News Network)
Esta película es una historia paralela que ocurre entre la primera y la segunda película de Patlabor.