Sinopsis

La historia toma lugar en el año 2307, donde los combustibles fósiles prácticamente se han extinguido del planeta Tierra y la humanidad tiene que confiar principalmente en la energía solar. Este mundo está dividido en tres bloques político-económicos: La Unión de Energía Solar y las Naciones Libres (UNION); La Liga de Reforma Humana (HRL) y la Unión Avanzada Europea (AEU). En esta situación las guerras son constantes entre las tres potencias, por lo que una organización paramilitar llamada Celestial Being entra en escena enfrentándose por igual a los tres bandos para intentar acabar la guerra (utilizando para ello a los Gundam).6? El protagonismo recae en Setsuna F. Seiei, asignado al Mobile Suit GN-001 Gundam Exia, que junto con otros tres jóvenes es escogido para integrar el equipo de Gundam Meister, de Celestial Being, los cuales son: Lockon Stratos asignado al GN-002 Gundam Dynames, Allelujah Haptism asignado al GN-003 Gundam Kyrios, y Tieria Erde asignado al GN-005 Gundam Virtue/GN-004 Gundam Nadleeh. Debido a que los tres bloques no pudieron contra Celestial Being, crearon el Ejército de Naciones Unidas, y para ello, se obtuvieron 30 Mobile Suits GN-X, cada uno con un pseudo-GN-Drive, y con esos, pudieron enfrentarse contra Celestial Being. Además, un tercer bando, el Equipo Trinity, había aparecido para ayudar a Celestial Being, pero el Ejército de Naciones Unidas los tacha de traidores. El Ejército de Naciones Unidas inicia su operación "Ángeles Caídos", en donde se intenta rastrear y destruir la base Gundam, el Ptolemaios. Durante la operación, Ali Al-Saachez mata a Lockon Stratos (que fue gravemente herido en la batalla anterior). Los Gundams se separaron a mitad de batalla debido a que los tres ex-bloques los interceptaron, pero Setsuna logró acabar con todos los GN-X restantes. Sin embargo, fue interceptado por Alejandro Corner y su Mobile Suit Alvatore, que fue convertido inesperadamente en Alvaaron. Tras la batalla, Setsuna fue interceptado de nuevo por un exintegrante de UNION, Graham Aker, que quiere tomar venganza con su GN-Flag. Esa última batalla resultó en que el GN-Flag fuese destruido y Exia gravemente dañado.